南京祿口國際機場貨運中心是集航空貨站、貨代和物流功能為一體，以現代物流信息技術為依托，融入先進的物流理念和管理手段，以一流的專業航空貨運設施為海內外航空公司、貨主、貨運代理提供貨物過港保障、進出港交接以及倉儲、地面運輸等一站式的現代空港物流服務。

南京祿口國際機場貨運中心，占地120畝，總建筑面積34168平方米，年設計貨運處理能力40萬噸。貨運中心包括國內貨站、國際貨站、進出港海關監管倉庫、特殊貨物倉庫、綜合業務樓等，機場貨運中心設施、設備齊全，可保障4架B-747全貨機同時作業，日高峰貨物處理能力可達1000噸。

貨運中心為貨主、航空公司提供航空貨運服務。主要包括：

國內貨運服務：負責南京始發的所有國內航線空運貨代理業務，以及國內到達貨物在市內提取服務，擁有多條包艙航線。提供中轉，倉儲，派送，短駁等各項貨物延伸服務。為搶險救災、政府重要貨物運輸的指定收運人。在南京機場候機樓設有“航空快件服務”，為旅客和各類貨主提供“一站式”國內快件服務業務，主要為隨身攜帶貨物及小件貨物的快速發運，隨到隨走。

國際貨運服務：負責國際空運進出口貨物的運輸代理業務，擁有國內外較為完善的代理體系，為客戶提供門到門服務。辦理報關、報檢等進出口貨物相關業務，國際貨包機機代業務以及國際監管倉庫進出庫管理。

物流保障服務：負責卡車監管運輸服務，普通地面物流運輸，提供國內國際貨物地面裝卸操作保障。

貨運中心空港物流信息平臺由國際著名IBM公司設計建設，其一流的信息系統由貨站、海關監管庫、保稅倉儲、物流配送管理及客戶服務五個應用業務系統組成。為社會貨代人和航空公司等提供包括運單跟蹤查詢、航班信息查詢、運價查詢、訂艙、報文收發、投訴受理等多項服務的作業平臺。貨物到達貨運中心前，貨代可將貨物信息預先錄入貨站或海關監管庫系統，實行中國電子口岸系統的數據直接交換和海關電子放行，實現了協同作業的“無縫隙”連接。